Aладжа манастир е най-известният скален манастир по Българското Черноморие, една от многобройните скални монашески обители, съществували през ХIII - ХIV век.
Тези уникални култови паметници се срещат масово върху една обширна територия, включваща Балканите и Близкия изток. В историческата литература се е утвърдило мнението, че появата им е свързана с появата и разпространението на християнството - известно е, че пещерата е основен символ в най-важните християнски тайнства - Рождеството и Възкресението. Това обяснява присъствието на пещерните обители в бита и практиката на отшелниците и ранните монашески братства от IV - VI век, а скалните манастири от средновековния период се явяват продължители на тази традиция.

Съществуват мнения, че скалният манастир край Варна е част от един огромен комплекс от над 500 подобни обители на територията на Северо източна България, свързани с разпространеното във Византия и България през ХIII - ХIV век учение за божествената енергия - исихазма. Аладжа манастир принадлежи към голямата група естествени пещери, образувани в меките варовикови утайки на дъното на древното Сарматско море, покривало преди около 12 милиона години територията на почти цяла Югоизточна Европа.

Разположен сред красива гориста местност на 14 километра от Варна, той отрано е привлякъл интереса на изследователи и почитатели.
За първи път в литературата името му се споменава през 1832 година в книгата на руския писател Виктор Тепляков "Писма от България". Началото на системни проучвания на този стар християнски паметник е поставено в края на миналия век от първите български археолози - братята Карел и Херминегилд (Хермин) Шкорпил. Още в началото на века основаните от тях Варненско археологическо дружество и музей поемат грижата за неговото стопанисване и опазване. По инициатива на двамата братя през 1912 година Аладжа манастир е обявен за народна старина, а по-късно - през 1957 година, с научно обосновано предложение на Националния институт за паметници на културата - за паметник на културата от национално значение.

Аладжа манастир е сред малкото скални обители в българските земи, където отчетливо се разграничават основните помещения на общежитийния манастир - манастирски храм, параклис, църква за заупокойни молитви, крипта (гробница), кухня, трапезария, монашески килии и стопански помещения.

Те са разположени на две нива във висока почти 40 метра варовикова скала.
В най-западната част, на първо ниво, непосредствено до стълбището за посетители, е разположена манастирската църква. В средата на източната й стена е вдълбана малка олтарна ниша. Подобно на други православни църкви от Средновековието и тази е била украсена със стенописи, но лесният достъп до тях е решил съдбата им. Запазени са отделни фрагменти, които с труд се разчитат по стените. Малко повече информация за стенописната украса ни дават бележките на К. Шкорпил и едно запазено акварелно копие на художника Милен Сакъзов от началото на века. Централно място върху източната стена (в олтара) е заемало изображението на Богородица. От акварелното копие се вижда, че тя седи на висок трон, а в скута си, върху дясната ръка придържа Младенеца. По периферията на изображението, особено в долната част, отчетливо се долавя друг пласт стенописи. Направената сравнителна датировка на горния пласт го отнася към ХIII - началото на ХIV век. В такъв случай долният пласт, от който личи само една ръка, придържаща книга (вероятно изображение на Исус Пантократор), е поне от ХI - ХII век.
В пода на църквата е изсечена каменна стълба, която през тесен ходник води към останалите помещения на първо ниво. От края на стълбата започва тесен коридор, в северната стена на който са запазени шест монашески килии. Те са били отделени една от друга и от коридора с дървени прегради. В стените се забелязват неголеми ниши, в които са били поставяни икони или други вещи на монасите.

В края на коридора се влиза в обширно помещение с неправилна форма. В северозападната му стена е издълбана неголяма полукръгла ниша. Малките отвори в средата на тавана свидетелстват, че тук е била използвана дървена преграда, която е разделяла помещението на две части. В западната половина (с нишата) е била кухнята (магерницата), а в източната - трапезарията. Трапезарията е едно от важните помещения на всеки манастир. Тя носи в себе си определена символика, чието начало може да се търси в "Тайната вечеря" и общите трапези на ранните християни.
Източно от трапезарията по къса рампа се стига до малко помещение, от което липсва по-голямата част. Оцелялата полукръгла абсида на източната стена и ориентацията изток-запад свидетелстват, че това е малка църква. Близостта й с разположената отдолу крипта (гробница) подсказва, че това е църква за заупокойни молитви. Църквата е изпълнявала още една - комуникативна функция. От нея е започвала вита дървена стълба, която през коминообразен отвор е водела към параклиса на второ ниво.
Криптата (гробницата) е разположена в най-ниската част на първо ниво. Останките от зидана стена свидетелстват, че тя е била отделена от външния свят и входната площадка. Средновековната крипта е имала само три гроба. Малкият им брой дава основание да се предположи, че и в Аладжа манастир е съществувала широко разпространената практика от средновековните манастири костите на починалите монаси да бъдат изваждани след седемгодишен престой в гроба и след съответния ритуал да бъдат полагани в обща костница. Къде е костницата на скалния манастир, е неизвестно. Останалите два гроба са издълбани върху входната площадка и са от по-късно време, за което свидетелства откритият в единия от тях сребърен пръстен-печат от ХVIII век.
Второто ниво на скалния манастир представлява само една по-голяма ниша, в източния край на която е разположен параклисът. Това е единственото запазено зидано помещение в манастира и е било използвано за второстепенните, ежедневни църковни служби, докато в главната манастирска църква са били извършвани по-важните и празничните литургии. Поради трудния достъп, дължащ се на разположението на параклиса и рухването на дървената стълба от първо ниво още през Средновековието, тук са съхранени част от оригиналните средновековни стенописи. Най-добро е състоянието на композицията върху тавана, която представлява един от основните сюжети в християнството - Възнесение Христово. Стилът в изписването на отделните фигури, цветовата гама и орнаментацията дават възможност стенописите от параклиса да бъдат отнесени към ХIII - ХIV век, което със сигурност определя периода на разцвет на монашеската обител.

На около 800 метра в северозападна посока в гъстата растителност е скрита още една група пещери, разположени на три нива. Братята Шкорпил са ги нарекли "Катакомбите" по аналогия с култовите средища на ранните християнски общини на територията на Римската империя. Най-добре запазено тук е второто ниво. То се състои от едно по-голямо помещение с неизяснено предназначение и до него - по-малко с пет гробни камери. На западната стена на по-голямото и на източната на по-малкото личат два врязани кръста от раннохристиянската епоха.

Датировката им се прецизира от врязаните букви "алфа" и "омега" в долните междурамия. Смисълът им е: "Аз (Христос) съм първият и последният, началото и краят." На външната площадка на това ниво има още един гроб и неголям вход, който почти изцяло е затрупан от свляклата се скална маса. Останалите две нива представляват естествени пещери, които са били обитавани от монасите.
Гробницата, двата врязани кръста и откритите находки, датирани към IV - VI век - фрагменти от керамика, монети на император Юстиниан I Велики (527 - 565 г.) и частите на една металическа кадилница - дават основание да се предположи, че Катакомбите са били обитавани през раннохристиянската епоха (IV - VI век).
От същия период са и разположените източно от Аладжа манастир останки от раннохристиянска базилика, малко укрепление и няколко селища.

Каква е връзката между трите групи паметници, разположени на малки разстояния една от друга, е неизвестно. Възможно е Катакомбите, базиликата, укреплението и селищата (а може би и пещерните помещения на самия Аладжа манастир) да са един от ранните християнски центрове по Черноморието от IV - VI век, за които споменава в летописите си известният византийски хронист - император Константин VII Багренородни (913 - 959 година). В такъв случай средновековният скален манастир от ХIII - ХIV век се явява продължител на старата християнска традиция тук и заедно с Катакомбите са оформяли един по-голям монашески комплекс.

След падането на България под османско владичество в края на ХIV век Аладжа манастир, подобно на много други български манастири, е бил изоставен. Местното християнско население обаче е продължило да почита и посещава това място и през годините на робството, за което свидетелства откритият в криптата сребърен пръстен-печат от ХVIII век.
Истинското християнско име на манастира не е известно. Названието "аладжа" е от персийско-турски произход и означава "пъстър, шарен". То вероятно се дължи на запазените до по-ново време стенописи от параклиса. В края на миналия век К. Шкорпил е записал едно предание, според което манастирът се е наричал "Свети Спас". Името произлиза от Христос - Спасител.
Писмени сведения за Аладжа манастир и останалите паметници не са открити. Останали са само легендите за бродещи сред развалините призраци на монаси, горски божества и за безкрайни подземни лабиринти, криещи несметни съкровища, а може би и свидетелствата за миналото на това красиво и тайнствено място.